Los perros de Canaán llevan el nombre del territorio que hoy es Israel, Líbano y partes de los países limítrofes. Para los israelitas de los tiempos bíblicos, los rebaños y los rebaños estaban en el corazón de la existencia diaria. El ganado se guardaba para la alimentación, el cuero y la lana, pero también para su uso en los sacrificios rituales que fueron una costumbre solemne durante siglos. Las numerosas referencias a ovejas y pastores en las escrituras cristianas, hebreas y musulmanas dan fe de la centralidad de la vida pastoral en las antiguas culturas semíticas.

Los artefactos que se remontan a unos 4.000 años llevan inscripciones de perros que se parecen mucho a los de Canaán, pero exactamente cuándo se desarrolló la raza es uno de esos hitos caninos que ha desaparecido en el espejo retrovisor de la historia. Podemos suponer que durante miles de años estos perros fueron asistentes de pastores cuyas tareas incluían pastorear, conducir y cuidar.

El punto de inflexión de la historia conocida de la raza se produjo en el año 70. Fue entonces cuando los romanos, después de décadas de su inquieta ocupación de Judea, destruyeron Jerusalén y dispersaron a los israelitas por el Medio Oriente y la cuenca del Mediterráneo. Con sus dueños desaparecidos y sus rebaños dispersos, Canaan Dogs buscó refugio en el desierto de Negev, donde sobrevivieron y, en su mayor parte, vivieron sin domesticar hasta el siglo XX.

Durante los años previos a la fundación del Estado de Israel, se necesitaron perros centinelas para patrullar los asentamientos judíos aislados y para entrenar como K-9 para el incipiente ejército israelí. La Dra. Rudolphina Menzel, una cinóloga austriaca que vive en Palestina, propuso los perros semisalvajes del desierto, asumiendo que solo los más aptos podrían sobrevivir a una existencia tan dura. Así comenzó la redomesticación del Perro de Canaán.

Los perros del desierto demostraron ser inteligentes y altamente adiestrables, y pronto se ganaron su alimento como centinelas, mensajeros, perros de servicio y detectores de minas terrestres. Después de la Segunda Guerra Mundial, Menzel comenzó la búsqueda en tiempos de paz de criar y entrenar a Canaán como perros guía para ciegos.